El polígono delantero alojaba estancias señoriales y el trasero se habilitó para bodegas, graneros y otros servicios. En 1516, el Cardenal Cisneros ordenó arrasar los muros exteriores que rodeaban la fortaleza, desmochar las torres, cegar los fosos con las piedras de las almenas, inutilizar los matacanes y saeteras y destruir los puentes levadizos. En 1892 y 1952 se realizaron obras de restauración que le devolvieron su aspecto actual.
La visita a la capilla,permite admirar la bella imagen de nogal del Santo Cristo, del siglo XIV, que según la tradición sudó sangre en los momentos difíciles de la vida de San Francisco Javier, la última vez, el día de su muerte.
Castillo de Javier (Navarra)
Castillo de Javier (Navarra) ca. 2013.